يتحدد الإطار التنظيمي لإدارة وزارة الصحة بمقتضى مرسوم صادر من الوزير الأول يتضمن صلاحيات وزير الصحة وتنظيم الإدارة المركزية التابعة له.
يعتبر النظام الصحي في موريتانيا نظاما هرميا تتشكل قاعدته من منشآت الصحة الأولية (المراكز والنقاط الصحية) وفي وسطه توجد المستشفيات الجهوية التي تعد المنشآت المرجعية للنظام الصحي على مستوى الولاية أما قمته فتضم المنشآت والمستشفيات المرجعية للنظام الصحي على المستوى الوطني (المستشفيات العامة متعددة التخصصات والمستشفيات المتخصصة).
يضم القطاع الصحي العمومي شبكة واسعة نسبيا من البنى التحتية الصحية تبلغ 739 منشأة حسب التقرير السنوي لحصيلة عمل الوزارة الصادر مطلع العام الجاري (2015)
التنظيم الهيكلي لوزارة الصحة (8.1 MiB)